الأزهر لديه منهج علمى رصين يتعامل من خلاله مع النصوص الشرعية، وتوجد ضوابط علمية لفهم النص الشرعى، وحينما يفتقد الإنسان هذا المنهج العلمى لا يعرف كيفية فهم النص أو توجيهه ويقوم بقراءته قراءة انتقائية وقراءة مجتزأة؛ وهذا يؤدى إلى الاستنكار أو الرفض، وقد وضع الإمام البخارى منهجًا علميًّا لمصنفه، وقام العلماء بتأليف شروح متميزة لهذا الكتاب العظيم.