La estructura organizativa del ISIS se basa en un sistema casi federal, donde el poder se distribuye en oficinas casi independientes, unificadas bajo un mando central. Estas oficinas administran vastas regiones geográficas y gozan de diversos grados de autonomía en sus operaciones y recursos financieros.
1. Oficinas en África
Oficina del Sahel y África Occidental:
Administra conjuntamente las provincias de África Occidental y el Sahel, con cierto grado de independencia en las operaciones y la recaudación de impuestos. Esta oficina incluye dos ramas:
Rama del Sahel: Abarca el oeste de Níger y las fronteras de Burkina Faso y Malí.
Rama de la provincia de África Occidental: Incluye el norte de Nigeria, el este de Níger y las fronteras con Chad.
Oficina de Somalia, Mozambique y Congo:
La rama de Somalia es una de las más importantes en términos de organización administrativa y financiera. Contiene un gran número de técnicos y organizadores de ISIS en el continente africano. Bilal al-Sudani, antes de su muerte, dejó un sistema financiero robusto que conectó esta rama con la mayoría de las otras de ISIS. 
2. Influencia en Asia
En Asia, la influencia del Estado Islámico se extiende a Irak, Siria y el Medio Oriente, así como a la región de Khorasan y Turkistán. También tiene presencia en la Península Arábiga, donde llevó a cabo ataques terroristas, como el atentado de “los dos hermanos” en Bahréin en 2017. Este ataque, dirigido a un objetivo de seguridad, demuestra la capacidad de ISIS de llevar a cabo operaciones complejas en áreas distantes de su bastión principal, lo que indica la creciente amenaza que representa esta organización para la seguridad y la estabilidad en la región.