Από αρχαιοτάτων χρόνων υπήρχαν διαφορετικές θρησκείες στον Ελληνικό χώρο. Αργότερα κατά την αρχαϊκή εποχή, επικράτησε η ηρωική λατρεία που συγχωνεύτηκε με τους ελληνικούς θεούς του Ολύμπου υπό την επίδραση του Ησιόδου και του Ομήρου και έτσι εδραιώθηκε το ενιαίο Πάνθεο και η θρησκευτική λατρεία. Τον 4ο αιώνα μ. Χ., την εποχή του Μέγα Κωνσταντίνου 272-337 μ.Χ, διαδόθηκε ο χριστιανισμός και την εποχή του Θεοδοσίου Α΄347-395 μ.Χ, απαγορεύτηκε η αρχαία λατρεία με θανατική ποινή και επικράτησε καθόλη την βυζαντινή περίοδο, ο Χριστιανισμός. Μετά την πτώση του Βυζαντίου, στα χέρια των Οθωμανών Τούρκων, οι Χριστιανοί, επί 400 χρόνια, υποβιβάστηκαν σε δευτέρας κατηγορίας κατακτημένοι πολίτες. Πολλοί άνθρωποι την περίοδο αυτή, εξισλαμίστηκαν για να αποφύγουν την βαριά φορολογία και τον υποβιβασμό τους ως πολίτες. Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδος από τον οθωμανικό ζυγό το 1821, η πρώτη εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου, ψήφισε το πρώτο Ελληνικό Σύνταγμα που προέβλεπε την σύνδεση της Ελληνικής Ιθαγένειας με την Χριστιανική πίστη. Στο Ελληνικό Σύνταγμα έως και σήμερα υπάρχει το προοίμιο«Εις το όνομα της Αγίας και Ομοουσίου και Αδιαιρέτου Τριάδος», και στο άρθρο 3 του Συντάγματος, αναγνωρίζεται ο Χριστιανισμός ως επίσημη θρησκεία του κράτους αλλά παράλληλα στο άρθρο 13 του Συντάγματος, κατοχυρώνεται το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας στην χώρα.
Στα πλαίσια της παγκοσμιοποίησης, η πολυπολιτισμική Ελλάδα φιλοξενεί ανθρώπους διαφορετικών εθνοτήτων και θρησκειών. Οι μουσουλμάνοι είναι η μεγαλύτερη ομάδα αλλόθρησκου πληθυσμού στην Ελλάδα. Ο μουσουλμανικός πληθυσμός στη χώρα δεν είναι ομοιογενής, αφού αποτελείται από ανθρώπους διαφορετικών εθνοτήτων με διαφορετική γλώσσα και κοινωνικό υπόβαθρο. Συγκεκριμένα, οι μουσουλμάνοι που βρίσκονται στην Ελλάδα είναι οι Πομάκοι, Οι Τούρκοι, η Ρόμα και οι Έλληνες μουσουλμάνοι που προσηλυτίστηκαν κυρίως στο 17ο και 18ο αιώνα. Μετά την συμφωνία του 1923, για την ανταλλαγή των πληθυσμών μεταξύ της Ελλάδας και της Τουρκίας, ο πληθυσμός των μουσουλμάνων στον Ελλαδικό χώρο, μειώθηκε κατά πολύ. Σήμερα ΄΄μουσουλμανική μειονότητα΄΄ ονομάζεται η εθνική μειονότητα της ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, Οι κάτοικοι της νήσου Ίμβρου και Τενέδου δεν συμπεριλήφθησαν στην συνθήκη της Λωζάνης για την ανταλλαγή των πληθυσμών και παρέμειναν στην Ελλάδα. Ένας μικρότερος αριθμός Ελλήνων μουσουλμάνων βρίσκονται στα νησιά της Ρόδου και της Κω. Ο αριθμός των πολιτών της αναγνωρισμένης μουσουλμανικής μειονότητας στην Ελλάδα, κυμαίνεται μεταξύ 98.000 έως 140.000.