ويمكن إجمال أهداف المركز فيما يلي:

•    مواجهة فوضى الفتاوى والأفكار الشاذة والمنحرفة من خلال ملئ الفراغ العلمي والإفتائي بالمنهج الوسطي والفكر المعتدل.
•    الوصول إلى جميع فئات المجتمع في مختلف المراحل العمرية –خاصة فئة الشباب- من خلال أحدث الوسائل التكنولوجية المعاصرة.
•    رفع نسبة المستفيدين من الفتاوى، والتيسير على جمهور المسلمين من خلال ما يتمتع به الأزهر من التعددية المذهبية.
•    الرد على الشبهات، وتصحيح المفاهيم، وتلبية احتياجات المستفتين من غير المتحدِّثين باللغة العربية.
•    نشر الفكر المُعتدل من خلال الفتاوى الوسطية، وترويجها؛ لتحقيق الأمن الفكري والاستقرار المجتمعي من خلال نشر الفتاوى الوسطية وفق منهج الأزهر المعتدل.
•    مواجهة التطرف والإرهاب من خلال تفكيك الأفكار الهدامة التي تدعو إلى العنف والإرهاب، من خلال وحدات رصد عالية الدّقة أعضاؤها ذوو كفاءة عالية بالتعاون مع بقية أقسام المركز وإداراته المتنوعة.
•    تدعيم قيم الفضيلة، وبناء عقليات مسلمة مستنيرة.
•    ترسيخ المبادئ الوطنية، والعمل على تماسك المجتمع، وترابط الأسر.
•    إعداد وتأهيل الكفاءات والكوادر العلمية والإعلامية المتخصصة. 
•    معالجة الظواهر المجتمعية والقضايا المستجدة علميًا، وعمليًا بالنزول إلى الميدان لكافة فئات المجتمع، والمؤسسات العلمية كالجامعات وغيرها من المؤسسات.
•    مواجهة المشكلات الأكثر ورودًا إلى المركز مثل مشكلة الطلاق، واستحداث الوحدات والبرامج التي تساعد على حل هذه المشكلات مثل وحدة لم الشمل وبرنامج التوعية الأسرية والمجتمعية ووحدة بيان لمواجهة الإلحاد والفكر اللاديني

وقد بذل المركز جهود كثير في سبيل تحقيق هذه الأهداف منها على سبيل المثال:

•    اصدر أكتر من مليون ومائتين ألف فتوى عن طريق فتاوى الهاتف أو التطبيق أو الإيميل، أو محادثات مواقع التواصل، وكذلك فتاوى المواقع والصحف والقنوات وتوصيل الفتوى الصحيحة للمستفتي بسهولة ويسر.
•    قام بالرد على  جميع الأفكار المغلوطة والفتاوى الشاذة والمتشددة الواردة للمركز وتفنيدها وتصحيح المفاهيم لأصحابها. 
•    يقوم بالتعريف بصحيح الدين الحنيف، من خلال المنشورات التوعوية وذلك عن طريق منصات المركز الإلكترونية المختلفة.
•    تم عقد اللقاءات الجماهيرية والندوات التوعوية، والتي من شأنها تفنيد الأفكار والمفاهيم المغلوطة والمتطرفة والرد على تساؤلات الجماهير، وقد بلغ عددها أكثر من 46 ألف ومائتي لقاء حتى تاريخ 30 / 1 / 2022 م لقاء جماهيري
•    نشر الحملات التوعوية التي يقوم بها المركز معتمدًا على الوسائل الحديثة للوصول إلى أكبر عدد من المتابعين، وكذلك ترويج هذه الحملات على القنوات والصحف والمواقع المختلفة.
•    تدخل للصلح عن طريق وحدة لم الشمل لمواجهة ظاهرة الطلاق، وقد تدخلت الوحدة في أكثر من 68 ألف قضية خلاف أسري وتم التصالح في أمكثر من 67 ألف حتى تاريخ 30 / 1 / 2022 م .
•    يقوم بالرصد المستمر للفتاوى المتشددة على  المواقع الإلكترونية ومنصات التواصل الاجتماعي، و عقد ورش العمل لاطلاع أعضاء المركز على ما يجد في هذا الشأن. 
وغير ذلك من الجهود المتواصلة للوصول للرؤية التي وضعها المركز نصب عينيه وهي القضاء على فوضى الفتوى والقضاء على الفكر المتطرف وتفنيده ليكون بحق أداة الأزهر لمواجهة فوضى الفتوى والقضاء على الفكر المتطرف.