الأزهر أصدر العديد من الفتاوى التى ترد على هذه الفتاوى، كما نظم مؤتمرًا عالميًّا بالتعاون مع دار الإفتاء المصرية، شارك فيه أكثر من 80 دولة مسلمة، وقد بحث خلاله مع علماء الأمة الفتاوى الشاذة التى تخرج من كل التيارات والجماعات الإسلامية، ووضع الضوابط التى يجب توافرها فى لجان الفتوى، وكانت خطوة أولى لتجديد الخطاب الدينى، وقد أعلن الإمام الأكبر شيخ الأزهر وقتها أمام العالم رفضه لمصطلح "الأقليات" وترسيخه لفقه "المواطنة"، لافتًا إلى أن الأزهر يواجه كل هذه الفتاوى عن طريق علمائه؛ فى الداخل: عن طريق مجمع البحوث الإسلامية ووعاظه ولجان فتاواه، وفي الخارج: عن طريق المنتمين للرابطة العالمية لخريجى الأزهر، كما قام بتدريب كل علمائه على التصدى لـ"فتاوى التكفير المعلبة التى أضرت كثيرًا بالإسلام".